作物施用生物有机肥后， 其中的发酵菌和功能菌大量繁殖， 对改良土壤、促进作物生长、减轻作物病害具有显着效果。主要原因在于：
一、肥料中的有益微生物会在土壤中大量定殖形成优势种群， **其他**微生物的生长繁殖，微生物有机肥供应，甚至对部分病原微生物产生拮抗作用，以减少其侵染作物根际的机会。
二、功能菌发挥**增进土壤肥力，比如施用含固氮微生物的肥料，可以增加土壤中的氮素来源；施用含解磷、解钾微生物的肥料，阿维菌素型微生物有机肥供应，其中的微生物可以将土壤中难溶的磷、钾分解出来，以便作物吸收利用。
三、肥料中的许多微生物菌在生长繁殖过程中会产生对作物有益的代谢产物，底施微生物有机肥供应，能够刺激作物生长，增强作物的抗病抗逆能力。
生物有机肥种类
农家肥：堆肥，沼渣等。
商品生物有机肥：商品化生产的生物有机肥。即农家肥商品化生产后的产物。有机肥加微生物菌剂，阿维菌素型微生物有机肥供应，每克含菌大于500万功能菌。
生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。生物有机肥对实现资源节约型、环境友好型社会具有重要意义，是实现农业可持续发展的必然选择。
有的，需要注意平衡；一个是微生物有机肥发酵菌堆肥的大小。微生物有机肥发酵菌堆肥如果太小堆，热量就容易散失，堆肥就不易发热；微生物有机肥发酵菌堆肥如果太大堆，空气就不容易渗透到里面去，就会产生上述空气不足的问题。另一个是微生物有机肥发酵菌堆肥材料的颗粒大小，如果颗粒太大，那表面积就相对较小，分解的速度会比较慢；如果颗粒太小，空气就不容易进入，一样会有上述空气不足的问题。
