有机质是微生物的主要能源，有机质分解还能供应微生物养分。因此，施用生物肥料时必须配合施用有机肥料，所以菜农在使用菌肥时应与粪肥等有机肥一起施用，不但可加快有机肥的腐熟速度，而且能促进菌群的形成，提供菌肥的肥效。因此，必须供应充足的氮磷钾及微量元素。例如豆科作物生长的早期，必须供应适量的氮素，瓜果用菌剂的作用，以促进作物生长和根瘤的发育，提高固氮量；施磷肥能发挥“以磷增氮”的作用；适量的钾钙营养有利于微生物的大量繁殖；钼是根瘤菌合成固氮酶必不可少的元素，钼肥与根瘤菌肥配合施用，可明显提高固氮效率。
生物菌不宜与氮磷钾大量元素肥料共同使用
生物菌适合与有机质共同使用，但是与氮磷钾等复合肥料共用，能杀部分微生物菌，降低肥效。
微生物菌剂在中国
高强度、复种指数高都是中国农业种植的特点，从不使用化肥农要的低产出到依赖大量化肥农要带来高收入，瓜果用菌剂价格，中国的农业一直以来都处于过度开发土地生产潜力的误区。2014年，央视《被化肥“喂瘦”的土地》引发国内对于土地健康的关注。中国的农业种植大量的使用化肥农要，尤其是大棚蔬菜，以及果树区，农要化肥的投入占据整个生产成本的三分之二。不仅使用量大，化肥利用率也低，不到30%，所以现在我们要承受放肆依赖化肥农要的后果。
生物学研究表明，根系不仅仅是吸收水分养分的气官，还会根据感受土壤的养分状况产生化学信号，并将这些信号传递到地上部分，从而控制地上气官的生理活动，比如气孔开闭、叶片的扩展、果实的发育等等。因此，建立并保持一个健康的根系，对于地上部茎、叶、果实的正常发育是非常非常重要的。
常规的施肥措施虽然能提供给植物养分，但是具体这些施肥措施给了作物多少养分，上海瓜果用菌剂，只有根系才知道需要什么养分，需要多少，什么时候需要，并主动获助它们。因此，促进根的发育是栽培的基础！
