在苹果、柑橘、桃、葡萄、李子、梨等果树上的研究结果表明，施用生物有机肥有效增加了果实单果重并显着提高了单位面积产量，说明生物有机肥有效保证了营养的持续供应，生物菌肥哪家好，促进了植株光合作用和碳水化合物的合成。在设施草莓上施用生物有机肥，单株产量增加67.9克，在“红地球”上施用，提高了葡萄单穗重和产量。果园施用生物有机肥后，苹果、桃、葡萄、李子的产量，分别增产29.8%、67.7%、12.6%、21.1%；同时单果重增加明显，苹果增加35.9%，葡萄增加28.4%。
果园施用生物有机肥后显着提高了果实可溶性固形物，苹果由14.1%提高到15.6%，李子由10.6%提高到12.2%，桃由10.1%提高到11.3%，生物菌肥公司，葡萄由15.1%提高到16.6%；苹果的硬度由8.1提高到8.9，桃的硬度由9.1提高到11.1；苹果糖酸比由19.6提高到28.2，葡萄糖酸比由17.8提高到26.1。在桃树上喷施生物有机肥后，生物菌肥生产厂家，果实可溶性固形物提高了5.7-10.9%，果实风味和品质有所改善。
与农家肥相比，生物有机肥的根本优势在于： 生物有机肥中的功能菌对提高土壤肥力、促进作物生长具有特定**，临沧生物菌肥，而农家肥属自然发酵生成，不具备优势功能菌的特别的效。
与生物菌肥相比，生物有机肥包含功能菌和有机质，有机质除了能改良土壤，其本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后功能菌容易定殖并发挥作用； 而生物菌肥只含有功能菌， 且其中的功能菌可能不适合有的土壤环境，无法存活或发挥作用。另一方面，生物有机肥比生物菌肥价格更为便宜。
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