在发酵物料的后处理方面，大多数企业加入功能菌进行复配、定形，产品剂型以粉尘为主，微生物菌有机肥批发，但也有采用滚筒造粒或挤压造粒的。颗粒产品克服了粉的剂产品外观差、层次低的缺点，微生物菌有机肥公司，提高了产品的商品性，但同时也提高了企业的生产成本，并对有效菌的存活产生了一定影响。 由于生物有机肥相比普通有机肥生产成本较高，主要应用在蔬菜、水果、***等高附加值的经济作物上，并取得了较好的效果。
微生物肥料中的微生物在高温干旱条件下，楚雄微生物菌有机肥，生存和繁衍就会遭到影响，不能发挥良好的作用。因而，应选择阴天或晴天的黄昏施用，并分离盖土、盖粪、浇水等措施，防止微生物肥料受阳光直射或因水分缺乏而难以发挥作用、防止与未腐熟的农家肥混用。与未腐熟的有机肥混用，会因高温杀掉微生物，影响微生物肥料的发挥。
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在苹果、柑橘、桃、葡萄、李子、梨等果树上的研究结果表明，施用生物有机肥有效增加了果实单果重并显着提高了单位面积产量，说明生物有机肥有效保证了营养的持续供应，促进了植株光合作用和碳水化合物的合成。在设施草莓上施用生物有机肥，单株产量增加67.9克，在“红地球”上施用，提高了葡萄单穗重和产量。果园施用生物有机肥后，微生物菌有机肥代理，苹果、桃、葡萄、李子的产量，分别增产29.8%、67.7%、12.6%、21.1%；同时单果重增加明显，苹果增加35.9%，葡萄增加28.4%。
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