生物有机肥与农家肥(生鸡粪)、磷酸二铵复合肥配比要合理 给瓜果施肥的原则施生物肥要，有机肥要腐熟，化肥要元素全(根据瓜果种类不同合理配比)。在施用时应注意，生鸡粪盐过多，磷酸二铵磷过多(18个氮、 46个磷)，复合肥氮、磷、钾配比为15：15：15或16：16：16或17：17:17，如果选用时，一定要先计算，再配比，后施用。
另外，生物有机肥穴施更重要，特别是茄果类蔬菜，重茬现象不可避免。即使补施了一些生物肥、微肥，由于受温度、湿度、透气性、有机质等条件的影响，再加上幼苗根弱的原因，很难快速发挥作用，底施生物有机肥工艺，如果穴施生物有机肥，一方面可快速促进活跃土壤，提高土壤透气性，促进根系快速生长发育;另一方面可缓解因有机肥不腐熟、化肥没分解形成养分的空缺，及时供给根系养分，给根系一个良好的生长环境，促进团根早形成。
施用菌肥要注意田间实际状况
对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒肥，可采用喷雾的方法，效果更明显。
五，注意棚温、地温和水温。
施用菌肥的温度是25～37℃，阿维菌素型生物有机肥工艺，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌适温度，土壤含水量是60～70%左右。
六，因量制宜。
对于多年来用化肥的田块施用了生物菌肥不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代量应做到第壹、二、三年分别取代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。
七，因时制宜。
生物菌肥不是效肥，所以，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果佳。同时对不同作物或同一作物的不同时期，要选用不同的施用方法，作物叶背茸毛的多少、叶片蜡质的厚薄都会影响其使用效果。
有的，需要注意平衡；一个是微生物有机肥发酵菌堆肥的大小。微生物有机肥发酵菌堆肥如果太小堆，热量就容易散失，堆肥就不易发热；微生物有机肥发酵菌堆肥如果太大堆，生物有机肥工艺，空气就不容易渗透到里面去，就会产生上述空气不足的问题。另一个是微生物有机肥发酵菌堆肥材料的颗粒大小，如果颗粒太大，那表面积就相对较小，分解的速度会比较慢；如果颗粒太小，空气就不容易进入，一样会有上述空气不足的问题。
