堆肥制作。先将粪便风干至含水分30%～40%。将粪便与切碎稻草等膨松物按重量100：10的比例混合，每100千克混合肥中加入1千克催熟粉，充分拌和均匀，然后在堆肥舍中堆积成高1.5～2.0米的肥堆，进行发酵腐熟。在发酵期间，根据堆肥的温度变化，可以判定堆肥的发酵腐熟程度。当气温15度时，重庆生物有机肥工艺，堆积后第三天，堆肥表面以下30厘米处的温度可达70摄氏度，堆积10天后可进行第壹次翻混。翻混时，堆肥表面以下30厘米处的温度可达80摄氏度，几乎无臭。第壹次翻混后10天，天然生物有机肥工艺，进行第二次翻混。翻混时，堆肥表面以下30厘米处的温度为60摄氏度。再过10天后，第三次翻混时，堆肥表面以下30厘米处的温度为40摄氏度，翻混后的温度为30摄氏度，水分含量达30%左右。之后不再翻混，等待后熟。后熟一般需3～5天，多10天即可。后熟完成，堆肥即制成。这种高温堆腐，可以把粪便中的虫卵和杂草种子等杀，大肠杆jun也可大为减少，达到有机肥无害化处理的目的。 生物菌肥的施用方法
基本原则：一般不能与***、杀菌剂混用，天然生物有机肥工艺，这样容易杀灭菌肥中的微生物。不能长期暴露于阳光照射下，太阳光中的紫外线会杀灭菌肥中的微生物。在施用前不宜久放，好随购随用。菌肥应存放在阴凉干燥处，避免温度湿度过高过低及阳光暴晒。并注意土壤条件，如养分含量、有机质含量、水分含量、pH值等，否则会影响使用效果。
施用温度：合理施用菌肥的佳温度为22~35℃，低于5℃或高于40℃施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。
施用地块：对于含硫高的土壤和锈水田不宜施用生物菌肥；对于翻浆的水田，底施生物有机肥工艺，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。生物有机菌肥采用穴施或沟施的方式进行，不建议冲施。复合微生物肥则多采用叶面喷施、冲施等方式进行。
施用时期：生物菌肥不是效肥，一般做底肥，如果追施，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前1周施用，效果好。而在蔬菜等经济作物上，微生物菌剂应采用蘸根、灌根的方式进行集中施用，且施用量不能过大。
混合施用：前面提到过，不要将菌肥与杀菌剂、***、除剂和含硫的化肥(如**钾等)以及草木灰混合施用，可先施菌肥，隔48小时后再打药除草。若拌种，切忌与已拌好杀菌剂的种子混合使用。还要防止与未腐熟的农家肥混合施用。
作物施用生物有机肥后， 其中的发酵菌和功能菌大量繁殖， 对改良土壤、促进作物生长、减轻作物病害具有显着效果。主要原因在于：
一、肥料中的有益微生物会在土壤中大量定殖形成优势种群， **其他**微生物的生长繁殖，甚至对部分病原微生物产生拮抗作用，以减少其侵染作物根际的机会。
二、功能菌发挥**增进土壤肥力，比如施用含固氮微生物的肥料，可以增加土壤中的氮素来源；施用含解磷、解钾微生物的肥料，其中的微生物可以将土壤中难溶的磷、钾分解出来，以便作物吸收利用。
三、肥料中的许多微生物菌在生长繁殖过程中会产生对作物有益的代谢产物，能够刺激作物生长，增强作物的抗病抗逆能力。
