首先，生物有机肥施入土层不易过深。因为生物有机肥是依靠其活性来分解有机质的，其活性必须在一定的温度、湿度、透气性、有机物质的条件下才能实现。而施入太深会影响生物肥活性。因此，生物有机肥以施在地表下10 到15厘米处为宜。
生物有机肥施用时也不宜与单一化肥混施。 单一化肥因其成分单一，且酸碱程度不同，如果大量施用，势必影响生物有机肥的生物活性。因此，天然微生物有机肥哪家好，生物有机肥好单独施用。
生物菌肥注意施用方法
1、有机肥主要作用是改善土壤，同时也可以提供养分，一般是要在农作物之前把有机肥施入土壤，所以要结合深耕，使有机肥和土壤完全混合在一起，使达到改善土壤的目的，土壤问题严重时要使用带腐殖质有机肥，长治天然微生物有机肥，它可以改善土壤***可更好的改善土壤环境，均衡营养，增加土壤团粒结构等。
2、基肥中，因为有机肥中的养分以磷、钾、氮为主，要与有机肥搭配用化肥少施。磷肥和钾肥可以作底肥一次施入，磷肥因移动性差，后期追施效果很差，所以磷肥应作底肥施入土壤。
3、追施的化肥好用全溶性效肥为主，这样的肥料分解后可被蔬菜迅速吸收，对土壤影响较小。
4、生物菌肥因其用量少可集中施在定植内或随有机肥底施。后期可多次追施同一种生物菌肥，以壮大菌群，以提高解磷解钾能力和防病效果。
与施用等价的化肥相比，施用生物有机肥可使西瓜、番茄、大白菜、菜心分别增产25.5％、35.9％、41.6％、50.6％，天然微生物有机肥供应，达到极显着水平，天然微生物有机肥厂，对辣椒、花菜、棉花、水稻等也有显着的增产效果。据夏飚报道，与施用等价的磷酸二铵相比， 施用阿姆斯生物有机肥可使花生增产33％。
生物有机肥对作物品质的影响
与单施化肥相比， 生物有机肥的施用可显着增加大白菜和西瓜的直径、单株（果）质量；还可改善番茄、辣椒的品质，使番茄和辣椒中***C 及还原糖的含量增加。通过研究不同施肥方式对生菜品质的影响， 发现施用阿姆斯生物有机肥可使生菜***C 含量增加，总酸降低，糖酸比显着增加，同时可显着降低易诱发症的xiao酸盐含量，在改善生菜口感、提高产品安全性方面具有重要作用。
