作为化肥的替代品，有机肥与生物菌肥是有机农业和绿色农业的基础之一，由于两者各有不足，目前已经出现并迅速推广一种兼有两者优点的肥料——生物有机肥：
生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
生物有机肥的优点：
1 生物有机肥与化肥相比：
1） 生物有机肥营养元素齐全；化肥营养元素只有一种或几种。
2） 生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。
3） 生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。
4） 生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。
5） 生物有机肥能促进化肥的利用，江苏微生物有机肥供应，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。
?生物有机肥的发展趋势
发展对策
目前世界各国对农业的可持续发展问题高度关注， 不断加大对生物有机肥的开发、生产及应用力度。中国生物有机肥产业虽然有了一定的发展，但由于多方面的原因， 仍存在一些不足和亟待改进完善的地方。未来，中国生物有机肥的发展还需从以下3 个方面进行努力。
提高产品质量
提高生物有机肥产品质量，阿维菌素型微生物有机肥供应，主要从菌选育、工艺优化和开发新产品3 个方面入手。
在种选育方面，应加大对促进根系生长、转化土壤养分、防控土传病害、消减与钝化根际****物质等特定功能的农业微生物种资源的挖掘与利用。另外，为保证产品在加工、运输、储存等过程仍保持较高的生物活性， 应加强对抗逆性强的芽孢杆jun属的应用。
对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒肥，天然微生物有机肥供应，可采用喷雾的方法，效果更明显。
五，注意棚温、地温和水温。
施用菌肥的温度是25～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌适温度，土壤含水量是60～70%左右。
六，因量制宜。
对于多年来用化肥的田块施用了生物菌肥不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，阿维菌素型微生物有机肥供应，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代量应做到第壹、二、三年分别取代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。
七，因时制宜。
生物菌肥不是效肥，所以，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果佳。同时对不同作物或同一作物的不同时期，要选用不同的施用方法，作物叶背茸毛的多少、叶片蜡质的厚薄都会影响其使用效果。
