对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒肥，底施微生物有机肥生产线，可采用喷雾的方法，效果更明显。
五，注意棚温、地温和水温。
施用菌肥的温度是25～37℃，低于5℃，微生物有机肥生产线，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌适温度，土壤含水量是60～70%左右。
六，因量制宜。
对于多年来用化肥的田块施用了生物菌肥不能大量减施化肥和有机肥，天然微生物有机肥生产线，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代量应做到第壹、二、三年分别取代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。
七，因时制宜。
生物菌肥不是效肥，所以，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果佳。同时对不同作物或同一作物的不同时期，要选用不同的施用方法，作物叶背茸毛的多少、叶片蜡质的厚薄都会影响其使用效果。
生物有机肥的优点
作为化肥的替代品，有机肥与生物菌肥是有机农业和绿色农业的基础之一，由于两者各有不足，目前已经出现并迅速推广一种兼有两者优点的肥料——生物有机肥：
生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
生物有机肥的优点：
1 生物有机肥与化肥相比：
1） 生物有机肥营养元素齐全；化肥营养元素只有一种或几种。
2） 生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。
3） 生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。
4） 生物有机肥能改善作物根际微生物群，天然微生物有机肥生产线，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。
5） 生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。
生物有机肥的应用现状
现阶段， 国内种植户施用生物有机肥的积极性不高，生物有机肥使用率相对较低，主要在蔬菜、水果、***等附加值较高的经济作物上应用。但随着人们消费水平和安全意识的提高， 对绿色有机农产品的需求日益增强， 生物有机肥将会成为农业生产的必然选择。
目前，生物有机肥在一些生态示范区、绿色和有机农产品基地应用取得了较好的效果， 这对生物有机肥今后的推广应用起到良好的示范作用。
