土壤温度：菌剂中的生物菌一般在土壤18-25℃时生命活动活跃，15℃以下时生命活动开始降低，10℃以下时活动能力已很微弱，甚至处于休眠状态。因此，在阴雨天大棚蔬菜施入菌肥后，要注意调控好地温。首先控制好棚内的气温，以气温促地温回升。
土壤酸碱度：土壤偏酸或偏碱都不利于生物菌的生长繁殖，土壤pH值在6.5-7.5之间时适合生物菌的繁殖。菜农可根据土壤的情况进行改善，让土壤pH值达到6.5-7.5，保证生物菌大量繁殖。
有些人觉得生物菌肥也能改善土壤索性就不管了，其实这种认知是片面的。生物菌肥并不能直接参与调节土壤酸碱度，主要作用还是利用生物菌改善微生态环境，算是土壤调理剂的一种，而土壤调理剂里面有专门调节酸碱度的，如果拿生物菌肥去调节土壤酸碱度，菌剂生产，那就属于“大材小用”了。直接用在碱性的土壤里，改良土壤用菌剂生产，也基本于是浪费了。
生物肥料简称“菌肥”，是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品。它利用微生物的生命活动及代谢产物，改善作物养分供应，为农作物提供营养元素、生长物质，达到调控生长、增强抗逆性，达到提高产量、改善品质、减少化肥使用、提高土壤肥力的目的。通过菌肥中微生物的生命活动，改善作物营养条件，大田作物用菌剂生产，如固定空气中的氮素，参与养分的转化，促进作物对养分的吸收;分泌各种ji素刺激作物根系发育，****微生物的活动等。在蔬菜上应用，能预防蔬菜死棵，减轻病害，改良土壤、解除盐害等特殊作用，而深受菜农欢迎。无机复合肥，复合肥一般主要含有两种以上的肥料。氮，磷，农用菌剂生产，钾三大元素，像是磷酸二氢钾属于二元复合肥。这样的肥料一般采用化学合成的方法生产，具有肥效快成养分高，施入土壤后能迅速被农作物吸收，所以又叫效性肥料，我们一般称它为化肥。虽然这种肥料肥效高肥效快，但是所含有的养分不够丰富多样，长期大量单一使用，会使土壤酸，碱，盐化程度增加，不利于农作物增产增收，化学肥料由于水溶性好容易流失。就像我们平时遇到增施无机复合肥越多，增产的效果并不一定能随着化肥的投入量增大增多而增产显著。相反的还有可能使土壤的肥力降低，土壤变劣。因此无机复合肥如果配合有机肥，菌肥等使用，才有可能发挥大的肥效。