玉米要安全储藏的关键是提高入库质量，降低粮食水分。由于各地的气温、气湿有较大差异，应根据本地具体情况，采用相应的储藏措施。
分等级:分水分不同入仓。玉米入仓时要做到按含水量不同、按等级不同分开储藏。为安全储藏打下初步基础。水分含量高的玉米入库前应进行烘干。
低温密闭:根据玉米的储藏特性，适合低温、干燥储藏。其方法有两种，一种是干燥密闭，一种是低温冷冻密闭。南方地区收获后的玉米有条件进行充分干燥，在降低到安全水分之后过筛入仓密闭储藏。
玉米果穗储藏:玉米不脱粒，果穗储藏是一种比较成熟的经验，天津环流熏蒸系统，很早就为我国农民广泛采用。由于果穗堆内孔隙度大(可达51.7%)，通风条件好，环流熏蒸系统厂家，又值低温季节，因此，尽管高水分玉米果穗呼吸强度仍然很大，也能保持热能代谢平衡，堆温变化较小。在冬春季节长期通风条件下，玉米得以逐步干燥。当水分降到14.5%~15%时，环流熏蒸系统设计安装，即可脱粒转入粒藏。
玉米胚部含脂肪多，容易酸败。玉米胚部含有整粒中77-89%的脂肪，所以胚部的脂肪酸值始终高于胚乳，酸败也首先从胚部开始。
玉米胚部的带菌量大，容易霉变。玉米胚部营养丰富，微生物附着量较多。据测定，玉米经过一段储藏后，其带菌量比其他禾谷类粮食高得多。玉米胚部是虫、霉首先为害的部位，胚部吸湿后，在适宜的温度下，霉菌即大量繁殖，开始霉变。
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