由于高产品种的应用而产生进口水溶肥的微量元素缺乏
吉林等省推广玉米高产良种，因而普遍出现“花白蕾”等缺锌症。湖北等省1960年代末应用甘兰型高产油菜品种取代本地白菜型油菜品种时，部分地区出现“花而不实”的油菜缺硼症。
随着科学技术的发展，各种高产新品种不断问世，这些高产作物，从土壤中吸收微量元素成比例增加，水溶肥料生产厂家，若土壤中的微量元素无法满足高产作物对微量元素的需要，高产作物品种施用再多的大量元素肥料，也无法达到高产目的。
目前水溶肥生产成本较高，惠州水溶肥，售价也相对较高，要使水溶肥持续健康发展，行业必须提供“物美价廉”的产品。目前摆在行业面前非常现实而又急迫的任务是如何降低生产成本。顾宗勤建议，水溶肥行业要充分利用化肥生产企业的现有条件，减少原化肥生产的能耗，避免重复包装，降低运输成本，水溶肥价格低，研究开发价格低廉的液体肥料包装材料，并逐步建立液体肥料包装回收体系，降低水溶肥生产成本，提供给市场更便宜产品，以使农民朋友得到更多“实惠”。
包装后的产品经高温放置一段时间（夏天），水溶肥料批发，袋内产生气体将包装鼓起或胀破。通常含尿素的产品容易出现胀气，气体成分主要是二氧化碳。解决办法是采用透气PE包装材料。
包装材料腐蚀
一些配方容易对包装材料造成腐蚀，必须包装前做试验，确保包装材料合格耐用。
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