遗传控制中大的困难并不是DNA的，而是需要被的特异DNA段的分离 。如果以***为目的，特异DNA段的分离将大大有助于获得与遗传信息同样多的相关的***产物，一般说这些***产物均为蛋白质多肽，因此抗该蛋白质的对于测定和沉淀蛋白质及其前体有重要用途，甚至可用于了解蛋白质分子量 。AMV反转录酶和MLV反转录酶都必须有引物来起始DNA的合成。cDNA合成的引物是与真核细胞mRNA分子3’端poly（A）结合的12～18个核苷酸长的oligo（dT）。
所有合成cDNA条链的方法都要用依赖于RNA的DNA聚合酶(反转录酶)来催化反应，主要有两个关键因素，一个是mRNA模板，另一个是反转录酶 。商品化反转录酶有从禽类成髓细胞瘤病毒纯化到的禽类成髓细胞病毒（AMV）逆转录酶和从表达化的Moloney鼠病毒反转录酶***的大肠中分离到的鼠病毒（MLV）反转录酶。AMV反转录酶包括2个具有若干种酶活性的多肽亚基，反转录引物，这些活性包括依赖于RNA的DNA合成，依赖于DNA的DNA合成以及对DNA-RNA杂交体的RNA部分进行内切降解（RNA酶H活性）。MLV反转录酶只有单个多肽亚基，兼备依赖于RNA和依赖于DNA的DNA合成活性，但降解DNA—RNA杂交体中的RNA的能力较弱。且其热稳定性较AMV反转录酶差。MLV反转录酶能合成较长的eDNA（如大于2～3kb）。AMV反转录酶和MI。V反转录酶利用RNA模板合成cDNA时的适pH、适盐浓度和适温度各不相同．所以合成链时相应调整条件是非常重要的。
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