制备互补DNA，往往需要先分离从目的基因转录来的mRNA.如果该基因编码的蛋白质是细胞中的主要蛋白质，则此基因的产物是总mRNA的主要组成部分 。就胰岛B细胞而论，此细胞含有高水平胰岛素前体mRNA，感受态细胞，后者有时可以沉淀正在翻译的mRNA的核糖核蛋白体，如果用特异结合所表达的蛋白质(抗原)，则可从沉淀的核糖体中分离出胰岛素特异的mRNA，一般特异mRNA只是细胞总mRNA中的次要成分。在这种情况下，不得不以密度梯度离心，按分子量大小把总mRNA分开，然后把分离开的mRNA直接用于试管中表达蛋白质(用家兔网织细胞的溶胞产物或小麦胚芽提取物作为翻译系统的诱导物)再用沉淀或聚酰胺凝胶电泳从许多表达的蛋白中测定出目的蛋白，从而确定表达该蛋白的特异mRNA。
T4 RNA Ligase主要用于RNA和RNA之间的连接，连接时需要5"磷酸基团和3"羟基的存在。不仅可以进行RNA分子间的连接，也可以进行RNA分子(***短8个碱基)的环化连接。
T4 RNA Ligase可以用于RNA和单核苷酸之间的连接，单核苷酸必须为5"和3"均磷酸化的形式，此时常用于RNA的3"末端标记。
T4 RNA Ligase也可以用于DNA和RNA之间的连接。当DNA提供5"磷酸基团，RNA提供3"羟基时，连接效率较高；当DNA提供3"羟基，RNA提供5"磷酸基团时，连接效率非常低。
T4 RNA Ligase也可以用于DNA和DNA之间的连接，但连接效率非常低。主要用于DNA的环化连接，例如5" RACE中的cDNA环化。DNA和DNA之间的连接尽管可以进行，但比较困难。
基因的分子***是相当复杂的过程，其中***重要的是连接酶
互补碱基之间的配对，形成双链。并在DNA连接酶的作用下，使同一DNA分子的两端连接成环状，或使两个分子连成一大的线状分子。不同限制性内切酶切割DNA产生的三种不同类型的末端。
基因的分子***是相当复杂的过程，除了需要限制性内切酶外，还需要其他- -些工具酶包括连接酶、DNA 聚合酶、RNA聚合酶、核酸酶、末端修饰酶等，对DNA或RNA进行各种各样的修饰。其中***重要的是连接酶。
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