cDNA是指具有与某RNA链呈互补碱基序列的DNA。与RNA链互补的单链DNA，以其RNA为模板，在适当引物的存在下，由依赖RNA的DNA聚合酶（反转录酶）作用而合成，并且在合成单链cDNA后，再用碱处理除去与其对应的RNA以后，以单链cDNA为模板，由依赖DNA的DNA聚合酶或依赖RNA的DNA聚合酶作用合成双链cDNA。在这种情况下，mRNA的cDNA，与原来的***组DNA相同而且无内含子；相反地，对应于在原来***中没有的而在mRNA存在的3"末端的poly A序列等的核苷序列上，与外显子序列、先导序列以及后续序列等一起反映出mRNA结构。 以Riboclone M-MLV CDNA合成技术为例。Riboclone M—MLV cDNA合成系统采用M—MLV反转录酶的RNase H缺失突变株取代AMV反转录酶，使合成的cDNA更长。该系统的链合成使用M-MLV反转录酶，cDNA第二链合成采用置换合成法，采用RNaseH和DNA聚合酶I进行置换合成，用T4 DNA聚合酶切去单链末端，加A尾***盒，方法简便易行。
自身引导法 。合成的单链eDNA3’端能够形成一短的发夹结构，这就为第二链的合成提供了现成的引物。当链合成反应产物的DNA—RNA杂交链变性后利用大肠DNA聚合酶I Klenow片段或反转录酶合成eDNA第二链，用对单链特异性的S1核酸酶消化该环，即可进一步。但自身引导合成法较难控制反应，而且用S1核酸酶切割发夹结构时无一例外地将导致对应于mRNA5’端序列出现缺失和重排，因而该方法很少使用。
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