认证机构应保持公正。检查与认证活动应按照文件化程序的要求，在对相关因素做出客观评价的基础上进行。认证机构应有处理申诉的程序。 通过对修订前后的认证标准和认证实施规则的差异分析，确定认证标准和认证实施规则修订对认证机构运行过程和能力需求的影响分析。有机食品认证的一般程序包括：生产者向认证机构提出申请，提交符合有机生产加工要求的认证材料，认证机构对材料进行审查，并在现场检查后予以批准。
获得有机产品认证的企业可以通过方圆申请有机标签或有机码，加施了有机标签或有机码的产品，才可以在产品包装上标识“有机”或英文“Organic”字样。目前我国有机产品主要包括粮食、蔬菜、水果、奶制品、饮料、酒、畜禽产品、水产品及调料等。有机产品还包括棉、麻、竹、服装、饲料（有机标准包括动物饲料）等“非食品”。可施用天然矿物肥料，但不能施用化学提纯的矿物肥；肥料中不能使用和含有***生物及其产品。
认证机构的人员如与操作方有任何家庭或是业务（贸易或咨询）的关系，绿色食品认证机构，应签署协议声明不介入任何与该操作方有关的决定或检查活动。如今，有机食品认证的新标准非常严格。除了有机认证标签和认证单位，有机蔬菜的***包装还需要一个由17位数字组成的有机编码，供消费者追溯来源，鉴别真伪。中国***是***环保总局有机食品中心(OFDC)，是中国***加入机构的成员。IFOAM在中国有19个成员，是中国大的认证机构。
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