接种后应该保持相对较低的上升流速，待颗粒污泥沉降速度提高后，再逐步增加水力负荷和容积负荷。对于含钙较高的废水，由于颗粒无机化较严重，颗粒的比重较大，沉降性能非常好。在厌氧反应器生物启动前，若能确定需处理的废水量和相应的SCOD浓度，则可以理解污泥负荷的概念，选择合适的污泥负荷，并根据上述计算公式计算出需接种的厌氧污泥量。厌氧颗粒污泥基于20世纪80年代初发展起来的生物颗粒污泥技术，是在高的水力剪切下，由产菌、产菌和水解发酵菌等构成的，沉降性优于活性污泥絮体的自凝聚体。
当厌氧反应器需要启动时，如果要处理的有机负荷小于反应器的大处理负荷，则可根据待处理有机物总量计算相应的厌氧污泥量，而不需要充分接种，从而降低厌氧污泥的购买成本。在处理黄原胶废水IC反应器中，培育出了白色的颗粒污泥，当污泥接种至造纸废水中后，出现了严重的脱皮现象，颗粒污泥从外到内逐层脱皮，并随废水流出反应器，而新形成颗粒污泥为黑色，并且保持了较好的处理效率。目前，国内的运行项目中，运行较好的IC反应器，颗粒污泥产活性可达1kgCOD/kgVSS.d，当运行在0.6-0.8 kgCOD/kgVSS.d时，有很好的颗粒污泥增殖速度。
对于从外购接种污泥的角度来评价颗粒污泥的活性，可按照VSS/TSS来确定污泥活性，比值越高活性越强，化工污泥厌氧污泥，比值越低无机化程度越高，污泥活性越差。如果接种厌氧颗粒污泥，少量颗粒污泥经泵吸接种后会分解，在后续的生物启动过程中会从厌氧反应器中流失。根据经验，损失量约为接种量的5%。在计算厌氧污泥接种量时，必须考虑到这部分损失。在污泥颗粒化过程中进水碱度可以适当偏高(但不能使反应器体系的pH8.2，这主要是因为此时产菌会受到严重***)以加速污泥的颗粒化，使反应器快速启动；而在颗粒化过程基本结束时，进水碱度应适当偏低以提高颗粒污泥的产活性。
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