PCR技术不仅可用于基础研究，还适用于日常的临床诊断、法***调查和农业生物技术研究。这些应用要求可靠的性能、及时的灵敏度和严格的标准。因此，所使用的PCR仪和PCR***必须符合这些要求和目的。
分子诊断应用包括***检测、致***突变检测以及感1染性***检测。在法***中，利用 PCR进行人类身份鉴定是通过对特别的短串联重复序列（STR）进行扩增而区分个体的。在农业学中，PCR在食物病原体检测、育种植物***分型和 GMO测试中具有重要作用。
PCR引物设计的基本原则
引物长度：15-30bp，常用为20bp左右。
引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C 过多易出现非特异条带。ATGC建议随机分布，避免5个以上的piao呤或嘧1啶核苷酸的成串排列参照。
引物内部不应出现互补序列。
两个引物之间不应存在互补序列，尤其是避免3 ′端的互补重叠。
引物与非特异扩增区的序列的同源性不要超过70%，
引物3′末端连续8个碱基在待扩增区以外不能有完全互补序列，探针法定量***，否则易导致非特异性扩增。引物3‘端的碱基，特别是***末及倒数第二个碱基，应严格要求配对，***佳选择是G和C。
引物的5′端可以修饰。如附加限制酶位点，引入突变位点，用生物素、荧光物质、地1高辛标记，加入其它短序列，包括起始密码子、终止密码子等。
污染的监测
一个好的实验室，要时刻注意污染的监测，考虑有无污染是什么原因造成的污染，以便采取措施，防止和消除污染。
1、阳性对照：在建立PCR反应实验室及一般的检验单位都应设有PCR阳性对照，它是PCR反应是否成功、产物条带位置及大小是否合乎理论要求的一个重要的参考标志。阳性对照要选择扩增度中等、重复性好，经各种鉴定是该产物的标本，如以重组质粒为阳性对照，其含量宜低不宜高（100个拷贝以下）。但阳性对照尤其是重组质粒及高浓度阳性标本，其对检测或扩增样品污染的可能性很大。因而当某一PCR***经自己使用稳定，检验人员心中有数时，在以后的实验中可免设阳性对照。
2、阴性对照：每次PCR实验务必做阴性对照。它包括：
（1）标本对照：被检的标本是血1清就用鉴定后的正常血1清作对照；被检的标本是***细胞就用相应的***细胞作对照。
（2）***对照：在PCR***中不加模板DNA或RNA，进行PCR扩增，以监测***是否污染。
3、重复性试验。
4、选择不同区域的引物进行PCR扩增。
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