限制性内切酶已有百余种，每种酶有其特定的核苷酸序列识别特异性，酶的活性需Mg+2来激1活。不同的酶也有许多差别：有些酶除需Mg+2外，还需ATP 等其他辅助因子的激1活;切割位点和识别序列间的距离不同;有的内切酶同时具有甲1基化作用。根据这些差别，可将限制性内切酶分为I、II 和III 种类型。II 型限制性内切酶只需要二价镁离子的激1活，酶在其识别序列内切割双链DNA，产生的各种DNA部分片段具有相同的末端结构，而且大多数的II 型酶可提供粘性未端，快切酶，有利于片段再连接，大部分II 型酶所识别的序列具有反向对称的结构，或称之回文结构。如EcoRI 和HindIII 的识别和切口分别为：
EcoRI ： G ↓AATT C HindIII ： A↓AGCT T
T TCGA↑ A C TTAA↑G
限制酶有什么作用？
在DNA重组技术中，限制酶主要用于：
1.在特异位点上切割DNA，产生特异的限制酶片段；
2.建立DNA分子的限制酶图谱；
3.构建***文库；
4.用限制酶切出的相同的粘性末端，以便重组。
5.许多***用切割外来DNA的方法进行自我保护，如切割感1染性噬菌体的DNA.这些***产生一种能切割DNA的核酸内切酶，一旦发现外来DNA便将其切割，因此它们有效地限制了噬菌体对***的感1染，故这种核酸内切酶被称为限制酶.
6.每种限制酶特异识别专一DNA序列，并在切割位点将其准确切割.
DNA限制性内切酶酶切是一项基于DNA限制性内切酶的***工程技术，其基本原理是利用限制性内切酶对DNA上特定序列的识别，来确定切割位点并实现切割，从而获得所需的特定序列。
生物体内能识别并切割特异的双链DNA序列的一种内切核酸酶。它是可以将外来的DNA切断的酶，即能够限制异源DNA的***并使之失去活力，但对自己的DNA却无损害作用，这样可以保护细胞原有的遗传信息。由于这种切割作用是在DNA分子内部进行的，故名限制性内切酶（简称限制酶）。
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