运行主要是活性污泥量和供氧量的控制，活性污泥营养，曝气池的活性污泥浓度（称混合液悬浮固体），是可以调节的，也就是活性污泥量和负荷率是可以调节的，运行时应根据具体情况注意调节。活性污泥法污水厂容易出现污泥膨胀，活性污泥销售，即污泥含水量极高，不易沉降。这将造成污泥随水流出沉淀池，***水质，同时，污泥的流失使曝气池中污泥减少，整个过程逐渐失效。在发现污泥有膨胀趋势时，应即分析原因，采取措施。
活性污泥系统在实际运行中，污水的水质及水量在不断的变化，环境条件也在不断的变化，这就需要按照活性污泥中的微生物的代谢规律进行调节控制，使系统处在运行状态，发挥效益，进一步提高出水水质。采用***一级强化处理的污水处理设施，产生的污泥须进行妥善的处理和处置。
经过处理后的污泥，达到稳定和无害化要求的，活性污泥，可农田利用；不能农田利用的污泥，应按有关标准和要求进行卫生填埋处置。
活性污泥培养出来的活性污泥含有大量异养菌，而硝化菌是自养菌，污泥中含量非常少，需要进一步进行驯化，使之占优。与硝化菌相比，反硝化菌对环境的适应能力强，活性污泥培养，生长和繁殖快，所以在一般情况下反硝化菌受到废水物质的***程度要比硝化菌小。在活性污泥的驯化过程中，每隔两天提高一次进水COD和NH3-N浓度。污泥驯化初期，COD去除率为85.59%，而NH3-N去除率仅为23.21%。这是因为异养菌占优势，生长速率快，硝化菌世代时间长，生长速率慢，含量较少，与异养菌竞争处于不利地位，硝化反应速率低。4天后，NH3-N去除率明显升高，达到了46.70%，这说明系统中的硝化菌逐渐占优势，但NH3-N处理效果还不很理想，还需要继续驯化。使得NH3-N的去除率在90%以上，系统取得了良好的脱氮效果，达到驯化目的。
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