我国微生物资源丰富, 用于发酵工业的微生物主要包括***、酵母菌和霉菌等。2010年公告发布的《食品添加剂品种目录》征求意见稿中规定, 可直接饲喂动物的饲料级微生物添加剂在2008年的基础上, 增删了部分和酶制剂品种。具体如下:地衣芽孢、枯草芽孢、两歧双歧、粪肠球菌、屎肠球菌、乳酸肠球菌、嗜酸乳、干酪乳、乳酸乳、植物乳、乳酸片球菌、戊糖片球菌、产朊假丝酵母、酿酒酵母、沼泽红假单胞菌;2010新增:***双歧、长双歧、短双歧、动物双歧、青春双歧、嗜热链球菌、罗伊氏乳、动物双歧、黑曲霉、米曲霉、迟缓芽孢、短小芽孢、纤维二糖乳、发酵乳、保加利亚乳、产丙酸丙酯、发酵乳、保加利亚乳、产丙酸丙酯、布氏乳、副干酪乳、凝结芽孢、侧孢芽孢等。市场上用于饲料发酵的益生类主要是乳酸菌、芽孢、酵母和霉菌。
3、小苏打的添加：小苏打不能改善消化，尤其在有高量微矿添加的情况下，使腹泻增加，造成吸收障碍，可以看到异形蛋的增加，尤其一种侧面有塌陷的蛋。
4、植酸酶的使用：在高锰、高钙的情况下，植酸酶的使用更容易形成硬壳的蛋，敲打时蛋壳出现横向裂纹，而非正常的性状裂纹，这种蛋的孵化率是比较低的，大约会导致3～5%的鸡雏不能出壳，出壳后的鸡雏腿病的问题也较为明确;种鸡和蛋鸡对于植酸酶的使用应有不同的使用价值，种鸡用于生产鸡苗，与普通鸡蛋有明确的不同，不应在种鸡料中添加使用植酸酶。
夏天一到，咨询发酵饲料的朋友逐渐进入一个高峰期，因为温度的升高，很多饲料原料不能长时间存储了，例如喂豆渣定的用户，不发酵是根本不行的。可以发酵的原料其实是很多的，一般分为这么几类：
类，也是常见的原料：玉米粉、豆粕、麦麸
这三种是养殖过程中必备的原料，经过饲料发酵技术处理之后，主要是用于提高消化率，增强消化体系功能。这种的也是应用的。
第二类：农副产品加工的副产物
豆渣、果渣、豌豆渣、腐竹渣等等，这些原料的特点也比较明显，水分含量高，难以存储。直接饲喂养殖动物也可以，但是营养指标不达标。通过配合辅料进行混合发酵，不仅能够改善营养价值，而且存放时间可以延长至半年没有问题。
