发酵脱毒, 饲料更安全：近年来某些研究表明, 某些乳酸菌可***霉菌的生长和产毒, 嗜酸乳可***寄生曲霉的孢子萌发。另外, 多数情况下微生物的代谢产物可以降低饲料素的含量。据报道, 曲霉属、串珠霉属等5个菌株可以有效地降低发酵棉粕中游离棉酚的含量。可见, 发酵饲料比未发酵饲料的***物质含量更低, 对于被日益关注的食品安全问题更具意义。
微生物发酵能分泌产生多种蛋白酶类有效降解饲料原料抗营养因子（球蛋白、β-伴球蛋白、水苏糖和棉籽糖）等，从而提高饲料营养价值。如发酵豆粕能完全去除豆粕中的抗原蛋白和不良寡糖等抗营养因子。
产生风味物质，提高饲料适口性、动物采食量：微生物发酵产生多种的风味物质，具有发酵香味，因此生物发酵料能增强饲料的诱食性，提高饲料适口性和动物采食量。
3.获得功能型饲料产品。发酵获得有特定功能或者目标产物的产品，如酵母培养物，乳酸菌培养物，发酵纤维饲料，发酵***饲料等。
4.扩大饲料范围。非常规饲料发酵转化：农副产品加工副产物、淀粉类加工副产物、玉米淀粉加工副产物、土豆淀粉加工副产物、大米糖加工副产物、食品酿造加工副产物等等。
5.发酵可以提高动物产品品质，发酵饲料的应用比例增加，可以明显改善肉蛋奶的风味。
