技术和生产条件差是现阶段我国发酵饲料产业存在的主要问题。目前国内对于生物发酵饲料的推广还有待完善，许多饲料企业现有的加工设备达不到要求，养殖企业的饲喂设备仍是全价配合饲料配套的饲喂条件，并不适用于生物发酵饲料。而对于生物发酵饲料的原理特性和生物安全等方面的知识，需要提高从业者的素质，建立规范体系。以上方面的因素导致了生物发酵饲料在我国的使用及推广受到限制。
3、小苏打的添加：小苏打不能改善消化，尤其在有高量微矿添加的情况下，使腹泻增加，造成吸收障碍，可以看到异形蛋的增加，尤其一种侧面有塌陷的蛋。
4、植酸酶的使用：在高锰、高钙的情况下，植酸酶的使用更容易形成硬壳的蛋，敲打时蛋壳出现横向裂纹，而非正常的性状裂纹，这种蛋的孵化率是比较低的，大约会导致3～5%的鸡雏不能出壳，出壳后的鸡雏腿病的问题也较为明确;种鸡和蛋鸡对于植酸酶的使用应有不同的使用价值，种鸡用于生产鸡苗，与普通鸡蛋有明确的不同，不应在种鸡料中添加使用植酸酶。
提高饲料转化率有效的措施主要是围绕动物消化和生长过程:
1.动物更高的合成效率。动物育种。
2.按照营养需求供应，营养配方
3.饲料原料容易消化，饲料加工切碎，加热，熟化等。
4.加强动物消化作用，有酸化剂，酶制剂，肠道健康维持等。
1.据统计，动物用于营养消化的能量消耗占其总能量的20%~30。微生物对营养物质的分解与动物消化过程相似，而能量消耗可以低至动物的10%左右。
2.动物饲料以植物性原料为主，植物性原料存在不少抗营养因子，影响动物对营养物质消化吸收，而微生物能有效地将这些物质分解***。
3.微生物发酵代谢产物******微生物，并促进动物肠道健康。