DNA copy主要的特点是半保留copy、半不连续copy。在copy过程中，原来双螺旋的两条链并没有被***，它们分成单独的链，每一条旧链作为模板再合成一条新链，这样在新合成的两个DNA分子中，一条链是旧的而另外一条链是新的，加A尾***盒，因此这种copy方式被称为半保留copy。
DNA的两条链是反向平行的，一条是 5"→3"方向，另一条是 3"→5"方向。在copy起点处，两条链解开形成copy泡(replication bubble )， DNA向两侧copy形成两个copy叉(replication fork)。随着DNA的不断解旋，两条链变成单链形式，可以作为模板合成新的互补链。但是，生物细胞内所有的DNA聚合酶都只 能催化 5"→3"延伸。因此，以3 "→5"的链为模板链时，DNA聚合酶可以沿 5"→3"的方向合成互补的新链，这条链称为前导链(leading strand )。当以另一条链为模板时则不能连续合成新链，这条链称为滞后链(lagging strand )。这时，DNA聚合酶从copy叉的位置开始向远离copy叉的方向合成1?2 kb的新链片段，待copy叉向前移动相应的距离后，又重复这一过程，合成另一个类似大小的新链片段，这些片段被称为冈崎片段(Okazaki fragment)。***后，由另一种DNA聚合酶和DNA连接酶负责把这些冈崎片段之间的RNA引物除去，并把缺口补平，使冈崎片段连成完整的DNA链。这种前导链的连续copy和滞后链的不连续copy在生物细胞中是普遍存在的，称为DNA的半不连续copy。
cDNA是指具有与某RNA链呈互补碱基序列的DNA。与RNA链互补的单链DNA，以其RNA为模板，在适当引物的存在下，由依赖RNA的DNA聚合酶（反转录酶）作用而合成，并且在合成单链cDNA后，再用碱处理除去与其对应的RNA以后，以单链cDNA为模板，由依赖DNA的DNA聚合酶或依赖RNA的DNA聚合酶作用合成双链cDNA。在这种情况下，mRNA的cDNA，与原来的***组DNA相同而且无内含子；相反地，对应于在原来***中没有的而在mRNA存在的3"末端的poly A序列等的核苷序列上，与外显子序列、先导序列以及后续序列等一起反映出mRNA结构。DNA连接酶主要用于产生新的核酸分子组合，及在将其连接到载体上
这三个连续的步骤在连接酶的三个不同域进行，与双链DNA接触的各个域环绕DNA底物形成反应域。DNA连接酶主要用于产生新的核酸分子组合，以及在分子克1隆前将其连接到载体上。
用于分子克1隆的DNA连接酶是***来源或者噬菌体编码。所有真***，无论是嗜热或嗜温，包含一个单一的连接酶***，编码NAD*-依赖型的酶(Olivera and Lehman1967; Takahashi et al. 1984)。
在连接反应的第yi步中， 使用NAD的二磷酸作为磷酸1酐键和腺营基团转移到DNA连接酶赖氨酸残基的ε-氨基基团。腺苷酸残基然后转移到DNA底物的5-磷酰基末端，变得易于受到并列的3"羟基基团的亲核攻击。
这导致磷酸二酯键的形成，消去AMP，以及形成DNA链的共价连接。用于分子克1隆的DNA连接酶在连接非经典底物时能力有所不同，如平末端双链、DNA-RNA杂交体或单链DNA.这些以及其他的属性归纳于表5。分子克1隆中比较常用的催化体外连接的酶是T4噬菌体编码的DNA连接酶。
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