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电子显微镜主要分为两种类式：穿透式和扫描式。穿透式电子显微镜的操作原理类似高架式投影机，将电子束对准于样品切片发射，耳道式助听器批发，穿透过的电子再用透镜投影于底片或电荷耦合元件。扫描电子显微镜用聚焦的电子束扫描过样品，耳道助听器批发，就好像在显示机内的光栅扫描。
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电子束只会穿透有限的深度（能量为5～20MeV的电子束通常可以穿透5cm的生物体），电子束疗法可以用来像基底细胞***一类的。电子束疗法也可以辅助，已被X-射线照射过的区域。
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并计算出负级射线粒子（电子）的质量-电荷比例，因此获得了1906年的诺贝尔物理学奖。汤姆逊采用1891年乔治·斯托尼所起的名字——电子来称呼这种粒子。至此，电子作为人类发现的个亚原子粒子和打开原子世界的大门被汤姆逊发现了。
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