技术和生产条件差是现阶段我国发酵饲料产业存在的主要问题。目前国内对于生物发酵饲料的推广还有待完善，许多饲料企业现有的加工设备达不到要求，养殖企业的饲喂设备仍是全价配合饲料配套的饲喂条件，并不适用于生物发酵饲料。而对于生物发酵饲料的原理特性和生物安全等方面的知识，需要提高从业者的素质，建立规范体系。以上方面的因素导致了生物发酵饲料在我国的使用及推广受到限制。
把微生态制剂的调理功能与的功能相结合， 生产功能型发酵产品，强化发酵产品的应用效果。芽孢、乳酸菌、酵母菌等有益菌群，在厌氧环境下，通过营养丰富的底物培养，快速繁殖扩增，可以达到几十亿单位的浓度,可以起到微生态制剂的调理作用。
在丰富的营养底物上，上述高浓度菌群继续深度发酵，就会产生大量的代谢产物。例如乳酸菌就会产生大量的乳酸等有机酸；各种菌群更会产生大量的高活性代谢产物，例如乳酸菌素、芽孢素等。这些代谢产物，具有类的作用，可以耐的杀灭作用，抵御高温的***作用。
3.降解饲料中的***物质和抗营养因子
发酵饲料中，某些乳酸可以***霉菌的生长和的形成。嗜酸乳酸、保加利亚乳酸和植物乳酸可***寄生曲霉的孢子萌发。另外，微生物的代谢产物也可以降低饲料中的含量。例如，发酵产生的甘露聚糖可以有效地降解等。经过发酵处理，可以有效地降低饲料中游离棉酚的含量，提高棉酚脱毒率；发酵饲料的抗原蛋白发生大幅度的降解，棉籽糖家族寡糖被降解，胰蛋白酶***因子、脲酶和植酸等抗营养因子也被微生物降解。