根据限制酶的结构，辅因子的需求切位与作用方式，可将限制酶分为三种类型，分别是第yi型（Type I）、第二型（Type II）及第三型（Type III）。
第yi型限制酶同时具有修饰(modification)及认知切割(restriction)的作用；另有认知(recognize)DNA上特定碱基序列的能力，通常其切割位(cle***age site)距离认知位(recognition)可达数千个碱基之远。例如：EcoB、EcoK。
第二型限制酶只具有认知切割的作用，修饰作用由其他酵素进行。所认知的位置多为短的回文序列(palindrome sequence)；所剪切的碱基序列通常即为所认知的序列。是遗传工程上，mRNA切割酶，实用性较高的限制酶种类。例如：EcoRI、HindIII。
第三型限制酶与第yi型限制酶类似，同时具有修饰及认知切割的作用。可认知短的不对称序列，切割位与认知序列约距24-26个碱基对。例如：EcoPI、HinfIII。
限制酶的限制作用实际就是限制酶降解外源DNA ，维护宿主遗传稳定的保护机制。Methylation是常见的修饰作用，可使腺piao呤A和胞嘧1啶C Methylation而受到保护。通过甲1基化作用达到识别自身遗传物质和外来遗传物质的目的。
所以，能产生防御病毒侵染的限制酶的***，其自身的***组中可能有该酶识别的序列，只是该识别序列或酶切位点被Methylation了。但并不是说一旦Methylation了，所有限制酶都不能切割。大多数限制酶对DNAMethylation敏感，因此当限制酶目标序列与Methylation位点重叠时，对酶切的影响有3种可能，即不影响、部分影响、完全阻止。
对MethylationDNA的切割能力是限制酶内在和不可预测的特性，因此，为有效的切割DNA，必须同时考虑DNA Methylation和限制酶对该类型Methylation的敏***。另外，大部分商业限制酶如今专门用于切割Methylation DNA。
限制性内切酶的质量控制鉴定
限制性内切酶的一个活性单位是指，在50μl 的反应体系里，采用随酶提供的 NEBuffer，用1个小时的时间，消化1μg底物DNA所需要的酶量。酶切反应应在带盖的eppendorf 管中进行，选用技术数据卡上所标明的适宜温度。在确定酶活性之前，浓缩的酶应该用推荐的贮存液稀释成大约1，000 单位/ml。
质量控制
所有质量控制鉴定结果都公布在随酶提供的技术数据卡上。
mRNA切割酶-友名生物公司由武汉友名生物技术有限公司提供。武汉友名生物技术有限公司是湖北 武汉 ,其它的见证者，多年来，公司贯彻执行科学管理、创新发展、诚实守信的方针，满足客户需求。在友名生物***携全体员工热情欢迎各界人士垂询洽谈，共创友名生物更加美好的未来。
