微生物发酵能分泌产生多种蛋白酶类有效降解饲料原料抗营养因子（球蛋白、β-伴球蛋白、水苏糖和棉籽糖）等，从而提高饲料营养价值。如发酵豆粕能完全去除豆粕中的抗原蛋白和不良寡糖等抗营养因子。
产生风味物质，提高饲料适口性、动物采食量：微生物发酵产生多种的风味物质，具有发酵香味，因此生物发酵料能增强饲料的诱食性，提高饲料适口性和动物采食量。
技术和生产条件差是现阶段我国发酵饲料产业存在的主要问题。目前国内对于生物发酵饲料的推广还有待完善，许多饲料企业现有的加工设备达不到要求，养殖企业的饲喂设备仍是全价配合饲料配套的饲喂条件，并不适用于生物发酵饲料。而对于生物发酵饲料的原理特性和生物安全等方面的知识，需要提高从业者的素质，建立规范体系。以上方面的因素导致了生物发酵饲料在我国的使用及推广受到限制。
把微生态制剂的调理功能与的功能相结合， 生产功能型发酵产品，强化发酵产品的应用效果。芽孢、乳酸菌、酵母菌等有益菌群，在厌氧环境下，通过营养丰富的底物培养，快速繁殖扩增，可以达到几十亿单位的浓度,可以起到微生态制剂的调理作用。
在丰富的营养底物上，上述高浓度菌群继续深度发酵，就会产生大量的代谢产物。例如乳酸菌就会产生大量的乳酸等有机酸；各种菌群更会产生大量的高活性代谢产物，例如乳酸菌素、芽孢素等。这些代谢产物，具有类的作用，可以耐的杀灭作用，抵御高温的***作用。