有机污染物进入池内，经过搅拌与池内原有的厌氧活性污泥充分接触后，通过厌氧微生物的吸附、吸收和生物降解，使废水中的有机污染物转化为沼气。完全混合厌氧反应器（CSTR）池体体积较大，负荷较低，其污泥停留时间等于水力停留时间，因此不能在反应器内积累起足够浓度的污泥，南昌厌氧颗粒污泥，一般仅用于城市污水厂的剩余好氧污泥以及粪便的厌氧消化处理。
1985年荷兰应用IC反应器处理土豆加工废水，容积负荷(以COD计)高达35～50kg/(m3?d)，批发厌氧颗粒污泥，停留时间4～6h[9];而处理同类废水的UASB反应器容积负荷仅有10～15kg/(m3?d)，柠檬酸厌氧颗粒污泥，停留时间长达十几到几十个小时[3]。废水中的厌氧处理主要是依靠微生物的生命活动来达到处理的目的，不同的微生物生长也需要不同的温度范围。
pH值、温度等运行控制条件出现严重偏差由于厌氧污泥中产甲1烷菌对其生存条件的要求比水解酸化菌苛刻的多，所以当反应器的pH值或温度的控制范围出现很大的偏差，就会使产甲1烷菌的产甲1烷能力受到严重影响，而水解酸化菌所受到的影响却远远小于产甲1烷菌，其结果同样会导致厌氧反应器发生酸化现象。在完成厌氧污泥装车后，可采用静置、搅拌、晃动的方法，尽量排净污泥上层的污水，以保证足够的污泥浓度。
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