多肽合成基本原理示意图
具体合成过程如下：
1、去维护：Fmoc 维护的柱子和单体有必要用一种碱性溶剂（ piperidine ）去除氨基的维护基团。
2、和交联：下一个氨基酸的羧基被一种剂所溶解，的单体与游离的氨基在交联剂的作用下交联，构成肽键。
3 、循环：这两步反响重复循环直到整条肽链合成结束。
4 、洗脱和脱维护：依据肽链所含的残基不一样，用不一样的脱树脂溶剂从柱上洗脱下来，其维护基团被一种脱维护剂（ TFA ）洗脱和脱维护。
当应用酯（R1＝异丁基、等）时，游离的单碳酸不稳定，立即分解为二氧化碳和相应的醇。然而，对于亲核进攻的区域选择性，也有一些相反的报道，产物为氨基甲酸酯和原来的N保护氨基酸组分。 为了形成混合酸酐，将N保护的氨基酸或肽分别溶于、四氢、二氧六环、乙酯，用等当量的三级碱（N－、N－、N－等）处理。然后，在－15℃－－5℃，剧烈搅拌的同时加入酯以形成不对称酸酐（活化）。经短时间活化后，加入亲核性氨基酸组分。如果作为铵盐使用（需要更多的碱），必须避免碱的过量使用。如果严格按照以上的反应条件，混合酸酐法很容易进行，是的缩合方法之一。
碳二类化合物可用于氨基和羧基的缩合。在该类化合物中N，Nˊ－二环己基碳二（DCC）相对便宜，而且可溶于肽合成常用的溶剂。在肽键形成期间，碳二转变为相应的脲衍生物，N，Nˊ－二环己基脲可以从反应液中沉淀出来。显然，碳二活化后的活性中间体氨解和水解速率不同，细胞表达，使肽合成能在含水介质进行。经几个课题组的大量研究，确立了以碳二为缩合剂的肽缩合反应机理，羧酸根离子加成到质子化的碳二，形成高活性的O－酰基脲；虽然还没有分离出这个中间体，但通过非常类似的稳定化合物推断了它的存在。O－酰基脲与氨基组分反应，产生被保护的肽和脲衍生物。或者，与质子化形式处于处于平衡状态的O－酰基异脲，被第二个羧酸酯亲核进攻，产生对称的氨基酸酐和N，Nˊ－二取代脲。
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