生物有机肥含有多种有益微生物、氨基酸、肽、酶和微生物。生物有机肥可降低碳氮含量，碳氮比过大，微生物分解速度慢，有效氮在土壤中的消耗。同时可以***植物病原菌，改善土壤微生物环境和物理结构，提高植物自身，提高作物品质和储运能力。
生物有机肥符合安全生产原则和无公害绿色农产品的要求。
生物有机肥的穴播应用更为重要，尤其是蔬菜的种类、留茬现象是不可避免的。
化肥的大量***也导致了有机肥的挤出，使土壤有机质水平达到了令人担忧的水平。有机质代表土壤肥力，与粮食产量呈正相关。由于有机肥投入少、有机质减少，另一个新问题是肥料的收益递减效应。根据数据，蔬菜有机肥厂家，1975年，一公斤化肥生产了25公斤谷物。到2008年，上饶蔬菜有机肥，这个数字下降到了8到9公斤。石油和棉花的情况也是如此，蔬菜有机肥价格，它们每公斤化肥的产量下降了大约50%。
生物有机肥与生物***肥料的区别:
1)生物有机肥价格低廉，每吨约1000元;生物***肥料很贵，每吨要花几万元。
2)生物有机肥含有功能性***和有机质，家用蔬菜有机肥，可以改善土壤，促进土壤固定营养物质的释放;生物***肥料只含有功能性***，通过功能性***促进土壤固定肥料的使用。
3)生物有机肥的有机质是功能性***的生存环境，在土壤中施用容易生存。生物***肥料的功能菌群可能不适用于某些土壤环境。
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