水源热泵作为一种新型的供热供冷方式，从热泵机组本身看应当是成熟的。但作为一个整体系统来推广应用时，还是存在一些问题的。
（1）水源的使用政策。我国为了保护有限的水资源，制定了《中华人民共和国水法》，各个城市也纷纷制定了自己的《城市用水管理条例》，明确了用水审批、用水收费等相关政策，所以水源热泵的推广还需要考虑综合能源环保和资源各个方面，以及的支持。
（2）水源的探测开采和地下水回灌技术。水源热泵的应用，首先必须了解当地的水源的情况，对水源的状况进行充分的调查，确定用水方案。若利用地下水，必须考虑水源的回灌问题，且应结合当地的地质情况来考虑回灌方式。
水源热泵机组作为的开式系统会遇到腐蚀和生锈的问题,这是非常普遍的,也是在开始整个项目时,要考虑的问题。开式系统的水源热泵,直接抽取地下水,而每个地区的地下水水质都不同,或多或少的含有腐蚀水源热泵机组的成分和微生物。水源热泵出现腐蚀现象因为水质问题的分析。
首先是水质的腐蚀性,溶解氧对金属的腐蚀性随金属而异。对于钢铁,溶解氧含量大则腐蚀速率增加;铜在淡水中的腐蚀速率较低,但当水中氧和二氧化碳含量高时,铜的腐蚀速率增加。水中游离二氧化碳的变化主要影响碳酸盐结垢。但在缺氧的条件下,游离的二氧化碳会引起铜和钢的腐蚀。氮离子会加剧系统管道的局部腐蚀。
虽说地水源热泵机组的好处多多，但是用户在选择地源热泵时要注意一下几点，后期地源热泵能够稳定的运行。
首先是建筑冷热负荷的计算，这与机组的选型有关，若是机组负荷过大，就会导致地源热泵耗电量增大，若是机组负荷选择过小，那么就会造成冷热温度无法实现，无论是哪种状况在后期的使用过程中都会给用户造成的困扰。
再一个就是水源热泵机组的冷热负荷不平衡的问题，这个问题主要凸显在冷热负荷不均的地区，如果地源热泵机组冬季向地下取热与夏季向地下散热不均与，那么系统长时间的运行就会导致地下土壤温度的改变，导致冷却水温度的改变，长此以往地源热泵系统的效率也会逐年下降。
