食用菌的废料（菇渣）完全可以再利用。食用菌的培养料主要是棉籽壳、木屑、稻草等植物秸杆，由于这些原料的主要成分是不溶于水或难溶于水的纤维素、半纤维素、木质素和果胶质等高分子物质，不能被动植物直接吸收，而食用菌却能分泌溶解这些物质的酶，并将它们分解成可溶于水、能被食用菌细胞吸收的小分子糖、酸、醇等。在这些酶的参与下，食用菌不断获得营养，菌丝体不断发展充实，长成子实体，子实体（菇）采收后，蘑菇渣用途，培养料（废料）里留下的大量菌丝体含有营养丰富的菌体蛋白。
可以用发酵剂发酵蘑菇渣用来做肥料的，操作方法如下：
1、1～1.5吨成品有机物料(鲜料约2.5～3.5吨)加1公斤发酵剂，混拌发酵即可。但碳/氮（即C/N）较高、较难发酵的树皮、锯末、稻壳等物料，应适当增加用量，每吨物料用2公斤发酵菌剂，发酵剂应该经过稀释。
2、本发酵菌剂是好（耗）氧性微生物，故应加大供氧措施，做到勤翻，拌匀为宜。否则会导致厌氧发酵，蘑菇渣供应，影响效果。
为给养殖业和蘑菇渣的无害处理和资源利用以及鸡粪堆肥的规模化生产提供技术支撑，蘑菇渣生产厂家，研究了低C/N条件下鸡粪堆肥技术的应用效果。以鸡粪、蘑菇渣按照鲜质量比2∶1，初始含水率56%，C/N为16.2配比，日照蘑菇渣，进行了周期为58d的条垛式高温好氧堆肥。
结果表明，堆肥开始后48h内堆体温度升高到65.0℃，55.0℃以上高温持续37d，物料彻抵无害化。堆肥产品全氮、全磷和全钾含量分别为20.20、22.74和18.80g/kg，有机质含量456.80g/kg，符合有机肥农业行业标准，含水率、pH值、C/N等指标趋于稳定，腐熟效果较好。
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