多肽合成基本原理示意图
具体合成过程如下：
1、去维护：Fmoc 维护的柱子和单体有必要用一种碱性溶剂（ piperidine ）去除氨基的维护基团。
2、和交联：下一个氨基酸的羧基被一种剂所溶解，的单体与游离的氨基在交联剂的作用下交联，构成肽键。
3 、循环：这两步反响重复循环直到整条肽链合成结束。
4 、洗脱和脱维护：依据肽链所含的残基不一样，用不一样的脱树脂溶剂从柱上洗脱下来，其维护基团被一种脱维护剂（ TFA ）洗脱和脱维护。
多肽合成仪的问世大大促进了多肽科学的发展。反过来，随着多肽科学的发展，科学家也对合成仪提出了更高的要求，从而带动了合成仪的发展。目前多肽合成仪品种繁多，从合成量上分，可分为微克级的，毫克级的，克级的和公斤级的；从功能上分，可分为研究型的，小试型的，中试型的，普通生产型的和GMP生产型的；从自动化程度上分，可分为全自动的，半自动的和手动的；从通道上分，可分为单通道的和多通道的；从技术角度上分，可分为代的，第二代的，和第三代的；等等。
氨基酸酯的反应活性较高。在100℃下加热或者室温下长时间放置都能聚合生成肽酯，但反应并没有定向性，两种氨基酸a1和a2的酯在聚合时将生成a1a2…、a1a1…、a2a1…等各种任意顺序的混合物。
为了得到具有特定顺序的合成多肽，醋酸去氨加压素，采用任意聚合的方法是行不通的，合肥合生生物而只能采用逐步缩合的定向多肽合成方法。一般是如下式所示，即先将不需要反应的氨基或羧基用适当的基团暂时保护起来，然后再进行连接反应，以保证多肽合成的定向进行。
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