穴盘苗在种苗生产过程中的工作是水分管理。覆盖物的选择要考虑几个方面：可以提高种子周围的湿度、保持良好的透气能力，非洲凤仙穴盘苗，以给种子提供足够的氧气。推荐使用大颗粒的蛭石作为覆盖物。3、播瓜类等大粒种子的穴孔基质不可太满；4、避免挤压基质，穴盘苗，否则会影响基质的透气性和干燥速度，而且由于基质压得过紧，种子会反弹，导致种子终发芽时深浅不一。注意：打孔的深度要一致，保证播种的深度也一致。
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穴盘苗特别要注意的是北方某些地区，在夏季雨季来临时，地下水的硬度、PH值和EC值都会比往常明显偏高，容易降低磷肥的利用率，并导致缺铁等微量元素缺乏症出现，尤其是使用代森锰锌等含锰的广谱性杀菌剂时更要注意缺铁症的出现和防治。因为铁和锰发生竞争，当基质潮湿且温度低于15°C时，PH值高于6.5，铁将不能有效地被根吸收。EC值，一般不含肥料的灌溉水的EC值要低于1.0ms/cm，才适宜生产。高浓度可溶性盐类会降低萌发率，损伤根和根毛以及灼伤叶片。不要让穴盘中的基质太干，穴盘苗产地，否则会使根系周围的盐浓度增大3-4倍。一般对于钙镁含量很低的软水，碱度很低，需要使用含有钙镁的碱性肥，这样可以增加其缓冲能力。如果碱度较高，则不需要使用这类肥料，同时要注意用酸性化肥调节。水分蒸发较慢，蒸腾作用较低，穴盘不易变干。 2、穴孔下半部仍旧有一定湿度。3、第二天需要对幼苗进行施肥。育苗者在天气热的时候，用水流一半的技术，可以有效控制苗的徒长。如果浇水次数过多，那么植物容易徒长，减少基质透气性，对根系造成损伤，从而容易病菌。 温室内浇水是的任务，不应该一个没有经验的人去操作。浇水需要更多的是工人不断主动累计的经验而并非书面或者口头传授的知识。
穴盘苗基质中的水是通过蒸发和根对水的吸收而损失的，前者在子叶展开前起主要作用；而在子叶展开之后，受到蒸腾作用所主导的根对水的吸收起到主要作用。当然托起穴盘估计它的重量，以此判断基质的湿度是一种较为理想的测试方法。反之，四季海棠穴盘苗，基质中水分过于饱和也不行，会造成根系缺氧（0-2%）穴盘苗生产水分管理一般以子叶展开为分界线。在子叶展开之前的水分管理比较简便，即要穴孔基质的下半部一直保持湿润。仅仅控制穴孔上半部分基质的干湿交替即可。
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