有些菜农认为菌肥不能和化肥混合。混合后，高浓度化学物质菌肥中的活性菌，菌肥失效。菌肥中营养物质含量低，单独使用难以满足作物生长的需要。菌肥可与化肥混合使用，如过磷酸钙等。施土后易固定，与生物有机肥混合使用可减少营养物质的固定和损耗。另外，单独施用大量化肥和化肥不均匀时，有机肥料有哪些，容易对作物产生毒***。当有机肥厂家发现与菌肥混合时，这样的问题就会减少。
土壤中施用大量菌肥，虽然没有烧根现象，但并不是越多越好。生物菌肥量施用生物菌肥不会像化肥一样烧掉蔬菜根，但是蔬菜和植物中盐的积累会增加，***消费者的健康和土壤质量会恶化，但是肥料的投入成本会增加，有机肥料价格，蔬菜的栽培效率会降低。因此，有机肥制造商建议根据作物需求和土壤养分情况科学确定生物肥的施肥量，达到增产增收的目的。
农作物秸秆也是很重要的有机肥源。其养分丰富，来源广，数量多，可直接还田。也是堆、沤肥和家畜挚□的重要原料。中国主要农作物秸秆每年总生成量平均为4亿多吨，生物有机肥料厂，按稻草还田率30%，麦秸还田率45%，玉米秸还田率20%计算，每年可用作有机肥料的秸秆就有1.3亿多吨，约可提供氮素66万吨，磷素40万吨，钾10.6万吨。
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