有些菜农认为菌肥不能和化肥混合。混合后，高浓度化学物质菌肥中的活性菌，菌肥失效。菌肥中营养物质含量低，单独使用难以满足作物生长的需要。菌肥可与化肥混合使用，如过磷酸钙等。施土后易固定，孝感有机复合肥，与生物有机肥混合使用可减少营养物质的固定和损耗。另外，单独施用大量化肥和化肥不均匀时，容易对作物产生毒***。当有机肥厂家发现与菌肥混合时，这样的问题就会减少。
土壤中施用大量菌肥，虽然没有烧根现象，但并不是越多越好。生物菌肥量施用生物菌肥不会像化肥一样烧掉蔬菜根，但是蔬菜和植物中盐的积累会增加，***消费者的健康和土壤质量会恶化，但是肥料的投入成本会增加，生物有机复合肥，蔬菜的栽培效率会降低。因此，有机复合肥的价格，有机肥制造商建议根据作物需求和土壤养分情况科学确定生物肥的施肥量，达到增产增收的目的。
③保持中性或微碱性环境。可适量加入石灰或石灰性土壤，中和调节酸度，促进微生物繁殖和活动。④碳氮比。微生物对有机质正常分解作用的碳氮比为25∶1。而豆科绿肥碳氮比为15～25∶1、杂草为25～45∶1、禾本科作物茎秆为60～100∶1。因此根据堆肥材料的种类，加入适量的含氮较高的物质，以降低碳氮比值，促进微生物活动。
沤肥
细嗅肥料的味道是否有氨味、粪味、淤泥味，有机肥生产厂家提示好的有机肥料应该是腐烂的味道。
用拇指和食指来回碾压有机肥。如果有感觉，里面会有沙子或者其他杂质，有机肥生产厂家表示纯的有机肥不会含有杂质。
四、检测方法。
将有机肥放入杯中，洒一点水(注意不要泡水，有机复合肥价格，湿了就可以)，将有机肥放在温暖适宜的地方，好的有机肥会抱出白菌丝，然后将有机肥放入杯中，再将有机肥放入杯中。
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