对于中国大运河博物馆展陈的选择，龚良解释说，不希望单单呈现运河及运河沿岸考古出土的，而是将主题***为“运河给人们带来美好生活”的博物展陈，“这个博物馆既要能够展示大运河历史文化艺术，又要能让大家看到沿岸的人民在各个历史时期的幸福生活状态。”唐墓、宋窑甚至两座唐代船型墓葬，也都被搬进了博物馆。由于体量巨大，在运输的过程中，甚至拆掉了博物馆部分墙体，终让能终在此“安家”。
博物馆的办公、业务、科研等辅助空间依山就势，镶嵌在地形之中。上方形成连续的平台，平台联系了公共空间、展厅、报告厅、科普、温室等主体空间。室外，植物主题花车巡游道将展馆串联成一个有故事的空间，可以休闲、散步、慢跑、运动、宿营、品茗。晶莹剔透的屋面具备了通风遮阳的功能，温室采用供暖系统和小型空气源热泵系统，用佳的能耗“”展现植物美好的生命循环。
大运河是中华民族奔流不息的血脉，是中华文明的重要标识。扬州是大运河的原点城市，中国大运河申遗的牵头城市。在扬州建设中国大运河博物馆，具有重要的文化意义和时代价值。2019年5月5日，扬州中国大运河博物馆建设工程正式奠基启动。按照“高起点规划、高质量建设、高水准展陈”要求，邀请建筑设计大师张锦秋院士担纲博物馆建筑设计，南京博物院负责展陈工作，着力打造能反映大运河文化的标志性工程。经过2年多的建设、布展，大运河博物馆雄姿亮展、精彩呈现。
