选择合适的回灌方式是重要的。从平面布置上讲，回灌井的布置有“混杂排列”和“边对边排列”两种。前者是生产井和回灌井穿插排列，保持一定的距离；后者是生产井在一边，回灌井在另一边，中间有较远的距离。对这两种排列方式的优劣，行家们看法不一。有的支持边对边回灌方式，认为这种方式对裂隙热储层合适。热储层热导率大，水流速度快(已观测到示踪剂重现速度达100m/h)，生产井若离回灌井近，就会发生热干扰。但像巴黎盆地那种孔隙型热储层，生产井和回灌井成为对井，距离约为1km，计算表明，生产井温度可以保持30年，以后逐渐降低。温度下降是缓慢的，可能要5年才下降1~2℃。这些，都和热储有关。回灌井深度的选择也很重要，它可以比生产井浅、相同或深。
地热能资源的利用，虽然操作起来简单，但并不是一劳永逸的。地热能项目工程是要进行运维的，包括对地热井和系统的定期检测，在出现问题时及时进行维修，在日常进行定期维护，通过加固和优化手段，来提高地热能项目的运行效率，保证其长期有效运行。钻机设备选型要比预测的深，不能选定多深就按多深来，从根本上避免现意外情况的出现。在系统运行过程中,回灌段附近为水头升高区(反降落漏斗),抽水段附近为水头下降区(正降落漏斗);受抽、灌区水头差的作用,如果抽、灌段之间的渗透性较好,则回将通过回灌段和抽水段之间的岩土层向抽水区渗流,并在以开采段和回灌段为中心的一定的空间范围内形成地下水局部环流现象;若在开采段和回灌段之间存在弱透水层或隔水夹层,则回灌区的地下水将以水平向外发散运动为主,而开采区的地下水则以径向水平汇集为主。
地热井回灌设备措施有三类：
1.同井分层回灌，即在同一眼地热井中存在两个含热水层的情况下进行的回灌，确定其中的一个含热水层为生产层，而另一个含热水层为回灌层。
2.对井回灌，即打两眼地热井，确定其中的一眼为生产井，另一眼为生产层与同灌层可同层，也可不同层。同层回灌的开采井与回灌井必须保持合理距离。
3.群井生产性回灌，选择有利场地进行地热尾水的多井集中回灌。回灌量与全热田的开采量应保持一定的比例。
