博物馆的办公、业务、科研等辅助空间依山就势，镶嵌在地形之中。上方形成连续的平台，平台联系了公共空间、展厅、报告厅、科普、温室等主体空间。室外，植物主题花车巡游道将展馆串联成一个有故事的空间，可以休闲、散步、慢跑、运动、宿营、品茗。晶莹剔透的屋面具备了通风遮阳的功能，温室采用供暖系统和小型空气源热泵系统，用佳的能耗“”展现植物美好的生命循环。
“这是一座建在***文化公园里的博物馆。” 江苏省文化和旅游厅副、南京博物院院长龚良在此前一次座谈会中说，扬州中国大运河博物馆不仅是公共服务设施，还是文旅融合的旅游目的地。“中国大运河博物馆***为国内展示大运河文化的专题博物馆，是一座反映大运河历史概况、现今状态和运河美好生活的博物馆。”
扬州中国大运河博物馆由院士张锦秋团队设计，扬州负责场馆建设，南京博物院负责布展和运营。目前已征集到从春秋至当代反映运河主题的古籍文献、书画、碑刻、陶瓷器、金属器、杂项等各类展品1万多件(套)。
博物馆还立足全域、放眼，彰显国际化特点。专门设置“世界运河与运河城市”专题展，以具有共同运河文化***和身份认同的运河城市为主体，从世界遗产、水利智慧和城市风情三个方面，探索世界运河渊源，诠释运河城市特色。同时，通过携手世界运河沿线城市，形成更广阔的运河“朋友圈”，更好发挥大运河博物馆在弘扬运河文化、传播中华文明中的作用。
