环境问题往往具有区域性特点。利用系统工程的原理和方法，对区域性的环境问题和防治技术措施进行整体的系统分析，以求取得优化方案，是环境系统工程的主要任务。环境系统工程方法还可应用于不同的规模、等级、剖面的系统，如大气系统（大气污染模型、大气扩散等）、地面水系统（河流污染、湖泊污染的分析和城市污水再生利用）、地下水系统、海洋系统以及某一环境工程单元过程系统等。
也有业内人士建议，在“后海绵试点”时代，全流域系统化黑臭水治理要与全域海绵城市建设结合起来，发挥海绵城市建设对雨水径流污染的控制作用；同时确定分流制、合流制区域，系统绘制排水系统“一张蓝图”，并分期进行建设实施。黑臭水体是一场，在各方支持和推动下，对于黑臭水体这一水处理短板问题，离尽快找到行之有效的解决办法距离已经不远了。
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