企业应提供与申报书中高新技术产品表格内容相对应的的产品实物，要说明产品的主要性能、关键技术和技术创新点的产品检测报告、鉴定意见、获奖证书等相关证明材料。研发项目立项时应设置研发支出专账或辅助账，高新企业认定代理，核算各研发项目的各支出明细科目费用，以此作为研发费用专项审计依据，以备核查。企业通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，获得对其主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用的知识产权的所有权。
企业申请认定设立的研发项目必须符合《工作指引》要求。研发活动是为获得科学与技术新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品（服务）、工艺而持续进行的具有明确目标的系统性活动。申报高企认定的企业在企业所得税汇算清缴上需要填报基础信息表、主表和要求列表的附表。老高企要求单独填报“高新技术企业优惠情况及明细表”。企业选择享受小型微利企业税收优惠的，免填“一般企业收入明细表”“一般企业成本支出明细表”“期间费用明细表”等附表的，需要提供相应免填情况说明。高新技术企业认定申报是一项性的工作。中间涉及的环节之多、要求之高，对大部分的企业来说都是很棘手的问题。很多公司对高新申程和材料编写缺乏经验，对政策了解不透彻等，终很容易导致申报失败。
新的高企认定管理办法和工作指引的出台，也印证了这点，对知识产权的要求已经不再是过去唯数量来评分了，而是多维度、质和量并存去评价一个企业的创新能力。由技术根据企业科技成果转化总体情况和近3年技成果转化的年平均数进行综合评价。同一科技成果分别在国内外转化的，或转化为多个产品、服务、工艺、样品、样机等的，只计为一项。要对每个转化项目的来源、主要内容和转化对应形式（产品和样机）给予列表说明，并阐述其与企业高新技术产品和有效知识产权的关系。
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