除人工清洗外，船舶还可以通过添加剂逐步清洗HSFO油舱和燃料系统中的沉淀物和沥青质污泥，这种方法相对安全且简单，可以为船舶节省很多时间成本和经济成本。定期清洗船舶燃油舱安全有效的方法是安排船舶进坞检查和清洗，短期内安排所有正在使用HSFO的船舶进船坞清洗燃油舱并不现实。船舶进入船坞进行燃油舱清洗所需要的时间因船而异，但一般来说每个燃油舱清洗的平均耗时为2-4天，再加之对船舶燃油系统管路的冲洗。
由于清洗油舱所以污水含有色度，所以洗舱污水在处理时就需要用到水处理药剂-脱色剂。在2020年1月1日之前，大部分使用HSFO的船队都不可能在很短的时间内进行干船坞检查、清洁。油舱在清洗之前需要排空，这段时间也应计算在内，邮轮清理价格，且冲洗船上燃油系统管路还需要1-2天。油舱清洗后的残余物应通过正确方式排放或由港口接收设施处理。
每艘船完成清洗和冲洗需要的时间大约为1-2周。经过上述清洗和冲洗的油舱和管路，在接收合规的燃油后，基本可以满足公约的排放要求。燃油舱应定期清洗，邮轮清理公司，以清除淤积的沉淀物和污泥，邮轮清洗，油舱通常是在干船坞或燃料箱检查期间进行。如果船舶在船坞中仅仅清洗了燃油舱，而没有进行管路冲洗，船舶在接收完合规燃油后仍需要2-5天的时间来冲洗燃油系统管路以达到排放要求。
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