GEP核算分为以下四个步骤：
首先，确定评估与核算的地域范围。根据评估目标，确定生态产品价值核算的空间范围。核算地域可以是行政区域，如村、乡、县、市或省（区）等，也可以是功能相对完整的生态地域单元，如一片森林、一块草场、一个湖泊等，或者由不同生态系统类型组合而成的特定地域单元。
其次，编制生态产品清单。根据评估范围的生态系统类型，调查评估范围的生态产品的种类，编制生态产品名录。
再次，进行生态产品功能量核算。根据生态产品清单，研究各项生态产品功能量的核算方法与模型，调查核算评估范围内生态系统在一定时期内提供的各类生态产品的功能量。
***后，确定各类生态产品的价格。运用市场价值法、替代市场价值法、假设市场价值法等相关的价值评估方法，确定每一类生态产品的参考价格或***价值。在生态产品功能量核算和参考价格基础上，核算各类生态产品的***价值，再对各类生态产品的价值加总，就得到评估地域内的生态产品总价值（GEP）。
在区域景观管理中， 农户往往是***基本的利益相关者。一些大型生态工程的实施往往可以实现提升区域自然资本的初衷，生态资产核算， 但在土地权属变更的前提下， 生态工程不一定可以保障当地农户可持续生计的各项资本。虽然生态系统服务付费作为生态补偿的主要形式， 被认为是提升农户各项生计资本的重要途径。但有学者认为， 生态系统服务市场是存在逻辑矛盾的:乡村中的富户掌握了更多的自然资本， 因而可以在生态系统服务市场中得到更多的服务付费; 贫困户因为掌握自然资本较少， 并不能获得充足的付费额度， 从而不利于生计的保障。换而言之， 如果将生态系统服务付费理解为或企业购买农户所掌握的生态资产， 一旦付费力度不足， 则更易对贫困户的生计方式造成冲击， 从而不能达到消除贫困的可持续发展目标。
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