其实水产养殖中所产生的废水根据养殖方法、系统、以及养殖种类的不同还是不一样的。但大部分污染物，高明养殖水质处理，特别是集约化投饵养殖的主要废料来源是未被摄食的残饵，禽畜养殖水质处理，以及养殖鱼类的排泄物和分泌物，还有养殖过程中使用的一些***和鱼药，甚至还包括濒死的鱼和以一些病原体等。
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有一些传统的方法已经被***明令禁止了 比如使用***铜、漂白l粉、孔雀石l绿等水质改良剂虽然也能对养殖后的废水进行一定的处理，但由于这些方法会对环境产生二次污染，淡水养殖水质处理，并且有的方法还会对***造成伤害，现在已经被***明令禁止了，对环境友好的除污方法才符合***的生态保护战略。
工厂化养殖的自动监测与控制自动监测和控制系统是封闭循环式工厂化水产养殖的保证条件。由于养殖密度大，水质变化快，水质控制不好容易引起事故的发生，造成生产损失。自动监测和控制参数主要包括水位、水温、溶解氧、浊度、盐度、pH、电导率、氨氮和硝l酸盐等，通过监测和控制这些参数，把水质控制在养殖要求的范围内。所以就目前渔业发展来看，养殖水质处理公司，工厂化水产养殖尾水处理的成本相对较高。
养殖水质处理生物处理技术
国内开展的水产养殖生物处理技术主要有5种方式：水生植物、藻类、水生动物、微生物、人工湿地，其中微生物净化水产养殖尾水技术z为成熟。近年来利用水体有益微生物实施以菌制菌的生物修复技术逐渐成为水产养殖尾水处理研究与开发的热点。
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