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电子显微镜主要分为两种类式：穿透式和扫描式。穿透式电子显微镜的操作原理类似高架式投影机，写字楼***空调，将电子束对准于样品切片发射，穿透过的电子再用透镜投影于底片或电荷耦合元件。扫描电子显微镜用聚焦的电子束扫描过样品，就好像在显示机内的光栅扫描。
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像差修正穿透式电子显微镜。能够将分辨率降到低于0.05nm，足够清楚地观测个别原子。这能力使得电子显微镜成为，在实验室里，高分辨率成像不可缺少的仪器。但是，电子显微镜的价钱昂贵，***不易；而且由于操作时，样品环境需要维持真空，科学家无法观测活生物。
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从而推断晶体表面的资料。这技术所使用的电子的能量在8～20keV之间，入射角度为1～4°。电子显微镜将聚焦的电子束入射于样本。由于电子束与样本的相互作用，电子的性质会有所改变，像移动方向、相对相位和能量。
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