温度对于UASB的启动与保持系统的稳定性具有重要的影响。UASB反应器在常温(25℃)，中温(33℃～41℃)和高温(55℃)下均能顺利启动，并形成颗粒污泥。但绝大多数UASB启动过程的研究都是在中温条件下进行的，也有少数低温启动的报道。另外，不同种群产甲1烷菌对生长的温度范围，均有严格要求。因此，需要对厌氧反应的介质保持恒温。不论何种原因导致反应温度的短期突变，对厌氧发酵过程均有明显的影响
不同特性的废水进入反应器后对pH值的影响也不同 ，例如含碳水化合物的废水会引起pH值的降低 ，而含大量蛋白质和氨基酸的废水则会造成pH值上升。因而 ，颗粒污泥厂家，进液时废水可有不同的pH值 ，关键是保证进液后pH值的稳定 ，使废水有一定的缓冲能力 ，防止酸积累对甲1烷菌产生毒性影响。在操作过程中出水回流不仅在反应器启动阶段提供反应器一定的水力负荷 ，且由于出水碱度高于进水碱度 ，可增加废水的缓冲能力 ，减少化学物质的添加。
碱度对污泥颗粒化的影响表现在两方面：一是对颗粒化进程的影响；二是对颗粒污泥活性的影响。后者主要表现在通过调节pH值(即通过碱度的缓冲作用使pH值变化较小)使得产甲1烷菌呈不同的生长活性，前者主要表现在对污泥颗粒分布及颗粒化速度的影响。在一定的碱度范围内，进水碱度高的反应器污泥颗粒化速度快，但颗粒污泥的产甲1烷活性低；进水碱度低的反应器其污泥颗粒化速度慢，但颗粒污泥的产甲1烷活性高。
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