虾蟹养殖尾水处理主要包括以下几个方面：生态沟渠、生态塘、垂直流湿地、表面流湿地。通过人工湿地、生态渠塘等生态治理措施的实施，将减少流入周边湖荡的化学需氧量（COD）、氨氮（NH3-N）、总氮（TN）及总磷（TP）污染负荷，减少排入周边河流的污染物总量，工厂化养殖尾水处理设备，水质将在现状水质基础上进一步改善，满足Ⅲ-Ⅳ类的区域水功能区划要求，缓解水产养殖发展对水环境造成的压力。
人工湿地是人工建造控制的强化湿地污水处理系统，主要通过填料、植物、微生物的物理、化学、生物三重协同作用净化水质，具有低***、低耗能、低成本、景观效果好等优势，实现水质达标的同时，也改善水环境质量与美化周边环境。
工厂化养殖的自动监测与控制自动监测和控制系统是封闭循环式工厂化水产养殖的保证条件。由于养殖密度大，淡水养殖尾水处理设备，水质变化快，水质控制不好容易引起事故的发生，造成生产损失。自动监测和控制参数主要包括水位、水温、溶解氧、浊度、盐度、pH、电导率、氨氮和硝l酸盐等，通过监测和控制这些参数，养殖尾水处理，把水质控制在养殖要求的范围内。所以就目前渔业发展来看，工厂化水产养殖尾水处理的成本相对较高。
跑道式尾水处理模式
跑道式处理模式是集池塘循环流水养殖技术、生物净水技术和鱼类***生态防治技术于一体的新型池塘养殖模式。该模式对传统池塘进行工程化改造，将池塘分成小水体推水养殖区和大水体生态净化区，在小水体区通过增氧和推水设备，形成仿生态的常年流水环境，开展高密度养殖；在大水体区通过放养滤食性鱼类、种植水生植物、安置推水设施等，对水体进行生态净化和大小水体的循环。
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