净化工程是一个比较复杂的工程系统，因此在施工的时候，有很多要注意的地方，为了保证工程的质量，净化工程施工时需要注意什么问题。
一、选材 净化工程对选材要求非常严格，首先，要确保所选材料没有污染，电子洁净车间，又是做净化工作的，所以要选择干净的材料，还要注意，不要选择容易氧化，会起壳的原材料。
二、制作风管 在施工的过程中，制作风管的时候特别要注意。参与风管制作的工作人员，都要求穿戴统一的衣服，确保洁净没有灰尘。在密闭洁净的工作室里操作，室内工作的环境要求也特别严格，根本的是要没有灰尘没有污染。
4、微生物检测洁净实验室总换气次数达50次以上，咸宁洁净车间，4只洁净室按每只4名工作人员计算，每人每小时新鲜空气达到大于40m3的要求。但有缓冲间Ⅰ和更衣换鞋间的换气次数未达到25次和15次。主要原因是二间洁净室的回风利用缓冲间Ⅰ和更衣换鞋室送回机房。
5、为了使送入洁净室内的物品减轻对洁净室的污染，物品必须通过传递窗送入，同时，进行无菌试验的物品在进行检测时，必须进行外包装清洁、除1菌。设1m2的传递窗，并有1000级洁净空气通入，均能达到上述的要求。目前，各单位为了适应工作范围的要求，改造微生物检测的洁净环境，提高微生物检测水平，因此，在设计微生物检测洁净实验的过程中，应考虑到检测工作的特殊要求。
6、控制污染的方法。
已设计出很有力的酶学方法用来消除一种形式的污染-使用UNG，这一技术能有效地消除由PCR产物引起的污染。另一种控制污染的方法是使用紫外线，这种方法不能完全消除污染问题，万级洁净车间，但可以将污染降低几个数量级。
7、后PCR区PCR完成以后，千级洁净车间，需要分析样品并解释数据，应该留出一个专门用于反应后处理样品的地方。后PCR活动中使用的所用***、一次性耗材和仪器都必须是专门用于这一目的，决不能把实验室这一区域的***或仪器用于任何前PCR活动
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