在发酵物料的后处理方面，大多数企业加入功能菌进行复配、定形，产品剂型以粉尘为主，昆明微生物有机肥，但也有采用滚筒造粒或挤压造粒的。颗粒产品克服了粉质产品外观差、层次低的缺点，昆明微生物有机肥生产商，提高了产品的商品性，但同时也提高了企业的生产成本，并对有效菌的存活产生了一定影响。
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种肥可采用拌种、蘸根、条状沟施、穴施和盖种肥等方法。生物有机肥可以用作追肥吗？追肥是在作物生长发育期间，为及时补充作物生长发育过程中对养分的阶段性需求而采用的施肥方法。追肥能促进作物生长发育，提高作物产量和品质。生物有机肥追施的方法有土壤深施和根外追肥两种。土壤深施一般将生物有机肥施在根系密集层附近，施后覆土，以免造成养分挥发损失。
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